高效毛细管电泳色谱仪是（简称高效毛细管电泳仪）以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。高效毛细管电泳仪与高效液相色谱仪的性能特点比较如下：
一、流体流动形式：
1、高效毛细管电泳仪：平流，峰展宽小。
2、高效液相色谱仪：层流，峰展宽大。
二、组分分子移动：
1、高效毛细管电泳仪：电渗流和电泳流的共同作用。
2、高效液相色谱仪：有压力流带动。
三、组分分子的扩散：
1、高效毛细管电泳仪：扩散小，不存在传质阻力，柱效高。
2、高效液相色谱仪：有扩散，存在传质阻力，柱效低。
四、组分分离：
1、高效毛细管电泳仪：依据迁移速率的差异。
2、高效液相色谱仪：依据分配系数的差异。
五、生物大分子的分离：
1、高效毛细管电泳仪：适合。
2、高效液相色谱仪：不适合。
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