2008年第四季度以来，为应对国际金融危机的冲击，中央及时启动实施了扩内需、促增长的一揽子计划，农业建设投资也进一步增加。2009年，由农业部负责和参与管理的基本建设投资达到236亿元，比上年增长了66%。我司坚持把项目监管和廉政建设作为推进扩大内需农业项目规范、有序实施的基础保障，不断提高项目监管工作的能力和水平。
近年来，我司陆续制定了一系列农业建设项目管理的规定，包括《农业基本建设项目管理办法》、《农业基本建设项目申报审批管理规定》、《农业建设项目招标检查工作规定》等，已初步构建了一套覆盖项目申报、评审、批复、实施到竣工验收全过程的农业项目管理制度体系。
针对项目管理工作存在的不规范现象，特别是随意申报、越级上报等问题，按照部领导要求，去年六月份专门印发了《农业部关于进一步规范农业项目管理工作的通知》，严禁各地越级申报和以沟通、汇报名义到我部“跑项目”；要求各级农业部门把主要精力放在项目谋划和建设管理上，充分利用电子邮箱、网络等方式申报项目，不搞“礼节性”汇报。严把项目申报受理关，对不符合申报条件的项目坚持做到“不受理、不审批、不储备、不向上推荐”。
我司在统筹协调和服务上下功夫，狠抓扩大内需项目督导检查，努力确保建设进度和质量效益。会同监察局和有关司局，先后分三期、共组织近50个检查督导组分赴项目省、区、市开展扩大内需农业项目督导工作，重点检查项目建设进度、资金使用和组织实施管理等情况，督促各地加快建设进度、规范项目实施、确保建设质量。与有关行业司局一道，先后组织20多个专项督导组对一些项目进行了重点检查，指导各地加强项目管理、及时研究解决项目建设中出现的问题。开展部属单位扩大内需项目专项检查，截至2009年12月底，部属单位滞压建设资金已由7月底的16.2亿元，降至8.4亿元。
在扩大内需农业项目管理工作中，我司始终强调要树立全程服务的理念，提高项目建设的服务能力。在继续开展面上管理培训的同时，强化分类培训指导，会同有关司局对一些重点项目开展项目管理人员专题培训，将事后监督检查前移至事前培训和全过程的指导，重点帮助解决招标投标、工程建设实施、合同管理、资金安排使用等关键环节可能出现的不规范问题。我们还调整培训方式，深入开展项目管理案例剖析活动。结合具体项目的建设、运行和管理情况，探讨交流改进项目管理工作的意见和措施。编辑印发《农业建设项目管理百题问答》、《农业建设项目管理培训讲义》等培训教材，制作管理实务教学视频光盘送给项目单位，变“统一组织培训”为“结合实践自学”和“边干边学”，大大提升了项目管理培训的效果。
我司还积极探索项目申报、论证、立项和管理全过程公开的机制和办法，努力让管理各环节在阳光下操作。
去年，在组织扩大内需良种工程项目时，我们印发了《农业部办公厅关于重新筛选核报明年养殖业良种工程建设项目的通知》，对两批畜禽水产良种储备项目实行了项目公示制，接受社会监督，对举报项目一经查实，立即取消储备资格，并在一定时期内暂停安排同一省份的同类项目，取得了较好的效果。同时，将成熟的专项规划及时通过网络向全社会公布，向地方农业部门及时通报有关投资安排和项目申报的工作事项，确保信息及时公开、工作有序开展。
按照“两手抓、两手都要硬”的方针，坚持党风廉政建设与业务工作一起部署，一起落实，一起检查，在安排建设项目申报、评估、审批和检查等阶段性工作时，及时提出廉政纪律要求。加强廉政制度建设，推动建立项目立项环节主管处主办、监管处会签、联合办理等既分工协作又相互监督的工作机制。坚决贯彻落实部党组提出的项目管理人员“四个严禁”的要求，做到防患于未然。认真执行项目管理岗位廉政谈话制度，对新晋职的同志，对新来司里工作的同志，不管是正式人员，还是临时借调人员，都及时提出明确的廉政要求和纪律规定，始终做到警钟长鸣，努力增强管理人员的廉洁意识和拒腐防变能力。