办法强调，各级环保部门、公安机关和检察院应当加强协作，统一法律适用，不断完善线索通报、案件移送、资源共享和信息发布等工作机制。检察院对环保部门移送涉嫌环境犯罪案件活动和公安机关对移送案件的立案活动，依法实施法律监督。
办法明确了检察机关建议环保部门移送涉嫌犯罪案件的程序，规定检察院发现环保部门不移送涉嫌环境犯罪案件的，可以派员查询、调阅有关案件材料，认为涉嫌环境犯罪应当移送的，应当提出建议移送的检察意见。环保部门应当自收到检察意见后3日内将案件移送公安机关，并将执行情况通知检察院。检察院发现公安机关可能存在应当立案而不立案或者逾期未作出是否立案决定的，应当启动立案监督程序。
办法明确了行政执法部门收集的证据在刑事诉讼中作为证据使用的范围。其中，明确规定环保部门在行政执法和查办案件过程中依法收集制作的物证、书证、视听资料、电子数据、监测报告、检验报告、认定意见、鉴定意见、勘验笔录、检查笔录等证据材料，在刑事诉讼中可以作为证据使用。环保部门、公安机关、检察院收集的证据材料，经法庭查证属实，且收集程序符合有关法律、行政法规规定的，可以作为定案的根据。
据悉，这个《办法》系从2015年高检部署开展为期两年的“破坏环境资源犯罪专项立案监督活动”的重要目标任务之一，也是在重点领域两法衔接长效机制建设的标志性成果。
检察日报消息称，针对环境犯罪突出、环境问题严峻的形势，高检日前正在部署开展第三次为期两年的“破坏环境资源犯罪专项立案监督活动”，这个《办法》的出台是一场及时雨，必将推动形成打击环境犯罪的合力，有效遏制环境问题的多发态势。