土壤施肥
常用的微肥除化学肥料（如硼砂、硫酸锌、硫酸锰等）外，还有整合肥料、玻璃肥料、矿渣或下脚料等，通常都用作基肥和种肥。其施用方法为：在播种前结合整地施入土中，或者与氮、磷、钾等化肥混合在一起均匀施入，施用量要根据作物和微肥种类而定，一般不宜过大。如对水稻，七水硫酸锌每亩施用1公斤，硼砂一般每亩用0.5公斤至1公斤，并要与厩肥等有机肥混合均匀基施，防止集中施用造成局部危害。
根外追肥
将可溶性微肥配成一定浓度的水溶液，对作物茎叶进行喷施。这种方法的优点是避免土壤中肥料不均匀而造成的危害，同时也可以在作物的不同发育阶段，根据具体的需要进行多次喷施，以提高肥效。有条件的地区在大面积施用时可采用机械操作或飞机喷洒，一般喷洒浓度为0.01%至0.05%。
种子处理
播种前用微量元素的水溶液浸泡种子或拌种，这是一种经济有效的使用方法，可大大节省用肥量。如硼酸或硼砂的浸种液浓度为0.01%至0.03%。每500公斤种子仅用5升这种溶液。大豆用钼酸铵拌种，每亩只需要10克至20克。
