高效毛细管电泳色谱仪（HPCE）是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。
一、优点：
1、高效：理论塔板数为105～106TP/m。当采用CGE时，理论塔板数可达107 TP/m以上。
2、快速：一般在十几分钟内完成分离。
3、微量：进样所需的样品体积为纳升级。
4、多模式：可根据需要选用不同的分离模式且仅需一台仪器。
5、经济：实验消耗不过几毫升缓冲溶液，维持费用很低。
6、自动：HPCE是目前自动化程度较高的分离方法。
二、缺点：
1、由于进样量少，因而制备能力差。
2、由于毛细管直径小，使光路太短，用一些检测方法（如紫外吸收光谱法）时灵敏度较低。
3、电渗会因样品组成而变化，进而影响分离重现性。
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